结肠炎的发生与自身免疫反应、感染因素以及过敏因素有关。在结肠炎患者的血清中，部分人可以检查到有抗结肠上皮抗体，这是认为结肠炎的发生可能与自身免疫反应有关的有力证据。
其次结肠炎还可能与细菌、真菌、病毒感染有关，而且病毒感染的可能性较大。
除此之外，结肠炎的发生可能与肠道性过敏有关，有些人对鱼虾、牛乳、鸡蛋、螃蟹等高蛋白食物产生过敏时，异体蛋白进入人体后会产生大量的组织胺物资，诱发过敏性反应，导致结肠炎的发生。