慢性胃窦炎一般不需要手术治疗。慢性胃窦炎是一种良性的疾病，一般规范的口服药物联合改善饮食结构治疗后能够治愈，这类患者可以口服保护胃黏膜的药物，比如硫糖铝、铝碳酸镁、果胶铋等。
如果慢性胃窦炎是幽门螺杆菌感染引起的，还需要根除幽门螺杆菌治疗，可以口服4联根除方案，一般用药2周，这类患者同时调整饮食结构，饮食上以清淡、易消化为主，不要吃辛辣刺激的食物和难消化的食物，也不能吸烟喝酒，可以多吃一些蔬菜水果，能够补充维生素，促进胃黏膜的修复。
如果慢性胃窦炎的患者并发了其它的疾病，比如完全性幽门梗阻、肠上皮化生等，则需要手术治疗。