女性创伤后应激障碍的药物治疗和一般的成人的治疗没有什么明显的差异，都是以抗抑郁药治疗为主。但是应该注意女性的一些生理特点，比如月经期和绝经期，关注适龄女性口服避孕药或者是激素替代治疗的情况，是否会和选择性五羟色胺再摄取抑制剂，和其他治疗创伤后应激障碍的一线药物存在交互的作用，妊娠和哺乳期间应该首选心理治疗。
有资料显示，创伤后应激障碍使早产的风险提高四倍，使用选择性五羟色胺再摄取抑制剂类和苯二氮卓类药物，将进一步的加重，更要避免使用丙戊酸盐类和肾上腺素类的药物，尽量选用非药物治疗，包括心理治疗，比如暴露疗法、压力管理训练、认知行为治疗和情感管理、个体治疗等等。