长期消化不良是不会导致肥胖的。由于食物的消化吸收障碍，机体无法充分利用这些能量，患者往往会出现偏瘦的状态。
而那些消化吸收比较好的人，才通常可能发胖，因为摄入的能量只有得到消化系统的充分处理吸收才能被器官所利用，然后无法利用的再储存于体内，才有了肥胖的出现。
如果在消化吸收这个阶段就已经受到了阻碍，自然会出现营养不良、消瘦，乃至贫血。所以对于长期消化不良的患者，必须及时就医寻找病因，然后在疾病得到较好的控制以后，多进食一些高蛋白的食物，促进营养状态的改善。