消化不良一般不会引起肥胖。消化不良时间长了，对营养物质的吸收会减少，造成人体虚弱、体重下降。
但如果消化不良的同时伴有便秘情况，阻碍人体的排出功能，使人体摄入、消化、吸收、排出循环系统工作不正常，宿便堆积产生其它一系列状况，可能会引发肥胖。
人体对能量和热量的吸收和利用，正常情况下处于一个相对平衡的环境。当能量和热量的吸收，大于人体的消耗时，多余的热量和能量，便以脂肪的形式存储起来，从而导致人体发胖。