抗甲状腺微粒体抗体升高，临床意义主要是能够提示存在着自身免疫性甲状腺疾病。但是有什么样的危害，主要取决于对甲状腺功能的影响是什么样。
如果对甲状腺功能的影响是出现了甲亢，患者会表现出高代谢的症状和体征。甚至严重的，可以引起甲亢性肌病、甲亢性肝病、甲亢性心脏病，还有发生甲亢危象的可能性等等。如果对功能的影响是出现甲减，患者会表现出低代谢的症状和体征。
严重的情况下，还有可能会出现粘液性水肿，甚至黏液性昏迷。在临床检查中，一般抗甲状腺微粒体抗体和抗甲状腺球蛋白抗体的意义相似。这两种抗体和抗过氧化物酶抗体同时检测，一般临床意义更高。