感染性的心内膜炎一旦确诊，需要立即选择敏感的抗菌素静脉滴注控制感染，是治疗感染性心内膜炎最有效的方法。当然，具体的药物选择最好能够根据药敏试验的结果，治疗更有针对性。
所以，在治疗以前要先对患者进行抽血化验，主要是做细菌培养和药敏试验。在结果没有出来之前可以先选择广谱的抗菌素进行治疗，等结果出来以后再根据药敏试验的结果进行选择。总体抗菌治疗疗程要长、抗菌素的剂量要充足，才可以将体内的炎症彻底控制住。
大部分的感染性心内膜炎，经过积极地抗菌治疗都可以得到控制。对于赘生物颗粒比较大，造成了瓣膜的狭窄或者关闭不全的患者，还可以通过外科手术进行治疗。