1.病因不同。风湿性心内膜炎是风湿热导致的，常累及心脏瓣膜，也可以累及心内膜、腱索。感染性心内膜炎是由细菌、真菌等微生物感染所致的，常累及心瓣膜，也可以累及心内膜，并在瓣膜上形成赘生物，其大小不等、形状不一。主要有血小板、纤维素、大量微生物、少量炎性细胞构成。
2.临床表现不同。风湿性心内膜炎的主要表现是呼吸困难、咳嗽、咯血等。感染性心内膜炎分急性、亚急性，急性主要表现为高热、寒战，亚急性主要表现为低热、周身不适、乏力等。
3.治疗不同。风湿性心内膜炎的治疗主要是长期应用青霉素类药物预防风湿热复发及对症治疗。感染性心内膜炎的治疗主要是早期足量静脉应用抗生素。