多系统萎缩无需手术治疗。因为多系统萎缩患者并不存在明显的病灶，该病的发病原因也尚不明确。目前临床上仍旧没有能够根治多系统萎缩的方法，只能是通过对症支持治疗，尽最大努力使患者的生活质量得到改善。
针对患者所表现出的体位性低血压，可选择穿弹力袜、饮食中适当增加食盐的摄入量来进行改善。如果效果不佳，可应用醋酸氟氢予以治疗。针对排尿困难的患者，可应用托特罗定、曲司氯铵等药物。
存在呼吸困难和吞咽困难的患者，可能需要进行气管插管、管饲。必要时需置入心脏起搏器。