扁平疣的形成是有两种原因，首先是感染人乳头瘤病毒，其次是因为机体免疫力功能低下。
在免疫力功能低下的青年男女通过局部破损的伤口，感染人乳头瘤病毒，就会导致扁平疣以及寻常疣、丝状疣等。其治疗方法主要以提高免疫力和抗病毒为主。
提高免疫力，可以口服脾氨肽口服液或匹多莫德等提高免疫力，同时可以应用干扰素等外涂，抗病毒双管齐下治疗扁平疣。如果局部破损常会导致自身传染，所以得扁平疣期间禁止局部的搔抓也很重要。