原发性甲减和中枢性甲减的不同主要体现在以下几个方面：
首先，原发性甲减和中枢性甲减最本质的不同就是在于病变部位的不同，原发性甲减病变部位主要是在甲状腺本身，而中枢性甲减病变部位是在下丘脑或垂体。
其次，由于病变部位的不同，二者的治疗方式也截然不同，除了都需要补充甲状腺激素进行替代治疗以外，还需要针对原发的病变进行对因治疗。而二者的对因治疗也有着本质的不同，需要根据病变的具体情况进行适当的治疗。
最后，对于中枢性的甲减必要的时候还需要进行手术治疗。