呆小症最主要的原因是因为甲状腺激素分泌异常引起来的。甲状腺激素具有促进新陈代谢以及生长发育，并且提高神经系统兴奋性的作用。如果在幼儿时期甲状腺激素分泌不足，小孩就有可能会患有呆小症，出现身材矮小，智力低下等症状。
还有可能在胎儿发育时期，因为母体的环境不好引起来的，比如母亲的情绪异常、缺乏营养、患有疾病或者是妊娠期并发症等多种因素都有可能导致胎儿出现呆小症的问题。
如果是营养不良有可能引起流产或者是早产，胎儿出生以后体格和大脑发育迟缓，也都有可能导致呆小症。