在临床上引起头痛原因很多，头痛的程度不是进行核磁共振检查的指标，也就是不是遇到头痛就需要进行核磁共振的检查。
临床中常见的头痛原因比较多，有颅外伤及颅内实质性改变引起的头痛。除此之外，颈椎病、睡眠不好、感冒、发烧、癫痫、鼻炎、高血压等都可以引起头痛的症状。在这些疾病诊断时，不可能因为出现头痛或头痛症状较重，就需要进行核磁共振的检查。
但是，在诊断时不能排除颅内问题时，即使轻微的头痛或者患者还没有出现头痛症状时，也会根据病情需要进行核磁共振的检查。