新冠肺炎核酸检测并不疼。但在取咽部分泌物时，因为对咽喉部位的刺激，部分患者可以出现恶心，咽喉部位的不适，甚至呕吐等症状，但一般不会出现疼痛。
标本采集完后，恶心和咽部不适等症状通常立即缓解。为减少核酸检测时出现的恶心、呕吐等不适，建议核酸检测前两小时禁止饮食和进水，采集和核酸标本前可对患者进行适当的心理安慰，取得患者的信任和配合，也能够减少患者的不适。
因为核酸检测存在假阳性和假阴性，因此核酸检测前一天最好不要应用抗病毒和细菌的药物。