胃部平滑肌瘤与间质瘤的组织来源不同。胃部平滑肌瘤来源于平滑肌细胞，属于一种良性肿瘤，胃底和胃体是主要的发病部位。间质瘤是一种起源于间叶组织的胃肠道肿瘤，肿瘤的性质为恶性。
胃平滑肌瘤和间质瘤的预后不同。平滑肌瘤对胃的损伤相对较小，通过手术治疗后效果比较好。间质瘤危害相对比较大，治疗之后能够改善症状，但会使患者的生存时间缩短。
胃部平滑肌瘤和间质瘤都可以导致胃出血的症状，通过临床表现有时难以鉴别，要在胃镜的指导下进行组织学活检。