肛周脓肿通过手术治疗后，只要伤口已经愈合，没有肿痛、灼热，也没有出现反复流出炎性的分泌物，这种情况下就说明肛周脓肿已经痊愈。
但是在手术之后，会可能存在有假愈合的情况。虽然在切口处的表面封口已经愈合，但是里面还存在有脓腔，这种情况下不算是痊愈，说明肛周脓肿依然存在。所以在做手术之后一定要注意放置引流条，避免出现浅表层愈合而里面并没有长出新的肉芽。
如果伤口从内到外逐渐逐层愈合，然后封闭脓腔，这样才算手术成功完全愈合。