经内镜胆管引流术总体来说是比较安全的，相对于外科手术或者PTCD来讲，经内镜胆管引流术安全性高，因为它对病人的要求比较低，特别是病人在比较危重情况下，进行治疗可能会比外科手术更为安全，术后的并发症更低。
一般来说，如果病人有急性胆道感染、急性胆囊炎和急性胆管炎、急性胆源性胰腺炎，首选的方式是经内镜鼻胆管引流术，对于病情治疗状况的判断，感染是否控制，观察。
如果病人没有急性感染，它是一个良性或者是恶性胆管狭窄引起的胆汁淤滞，多半会选用经内镜胆道塑料支架引流术，或者是经内镜胆道金属支架引流术。一般来说，如果是良性的疾病，多半会选择用塑料支架引流。