结肠闭锁不是肛门闭锁。结肠闭锁是结肠部位闭锁了，肛门的结构是正常的，而肛门闭锁是肛门部位闭锁，结肠部位是正常。
但是两者会有一定相同的临床表现，主要表现得是低位肠梗阻的症状，大多数于生后逐渐出现症状，无胎粪排出，腹部逐渐膨隆，吃奶后容易吐奶，含胆汁以及粪样物，严重的会出现电解质紊乱、脱水，甚至出现肠穿孔等并发症，危及生命。
造成闭锁的问题主要是胎儿在正常发育的过程中遇到了障碍的结果，胚胎发育障碍发生的时间越早，畸形的位置就会越高，一般需要手术来进行治疗。