森林脑炎的潜伏期一般为10~15天。也有一些特殊的情况，其潜伏期可能会长达1个月。
在森林脑炎的潜伏期内，大部分患者没有任何症状。而森林脑炎的前驱期通常为数小时到3天，这个时期的患者主要表现为头晕、浑身乏力，同时伴有四肢酸痛等症状。也有部分非常严重的患者，其前驱期也没有明显的症状，大多为急性起病，在发病前不存在任何征兆。
处于急性期的患者，其病程一般为2~3周，在急性期内主要表现为高热症状，在2~3天以后会逐渐到达高热的高峰期。大多数患者高热可持续5~10天，然后逐渐下降，一般通过2~3天可使体温下降至正常。