房颤是引起脑卒中的常见原因，房颤的患者引起的脑卒中和脑血管硬化引起的脑卒中是不一样的。
房颤引起的脑卒中血栓是来源于心脏的，而脑动脉硬化引起的脑卒中是血管内逐渐形成的粥样硬化斑块导致脑血管狭窄，当斑块不稳定破裂，局部形成血栓堵塞脑血管而引起的。
房颤的时候心房失去了正常的收缩功能，血液留在心房内形成涡流，停留时间会长一点，就会在右心房心耳部血栓形成，当血栓脱落顺着血液循环游走到了脑血管时就形成了脑卒中。