肛门发痒和肛瘘有一定的关系，肛瘘导致肛门瘙痒，主要有以下两个原因：
第一，肛瘘会出现反复肿痛以及流脓，这是由于肛瘘瘘管内会出现反复的感染，而感染会导致瘘管内积脓，脓液会经肛门周围皮肤的肛瘘外口流出，会引发肛门周围潮湿而致肛门瘙痒，严重的会导致肛周湿疹。
第二，由于外口局部反复的炎症刺激，会导致外口周围出现肉芽组织增生，而肉芽组织本身以及瘘管组织因慢性炎症的刺激，也会引发瘙痒症状。
患者需要注意平时肛门局部的清洁卫生，尽量保持肛门周围的干燥，当然最主要的是应尽早手术治愈肛瘘。