肛瘘与肛裂关系不大，二者都是肛肠科疾病，但是形成原因和表现都不相同。
肛瘘是肛管以及直肠与皮肤之间形成的通道，可流出血性、脓性分泌物、有异味，是肛周脓肿破溃或切口引流不畅的后遗病变，也可由炎症性肠病或者外伤导致，主要由内口、瘘管、外口三部分组成，内口和外口可以有多个，疼痛感不明显。肛裂是肛管皮肤破裂，最常见于肛管的后正中部位，呈梭形。
通常会有排便周期性疼痛、出血、便秘等典型症状，由于肛门周围有丰富的神经末梢，肛裂患者排便时会感到非常疼痛。