曲霉病和毛霉病菌属于深部真菌性疾病，其具有不同点。
1.从致病菌，毛霉病是有多种毛霉目真菌感染的一种系统性真菌感染，曲霉菌病的主要致病菌为烟曲霉。
2.从发病人群，毛霉菌病主要发生基础病多，免疫力低或缺陷的人群中；曲霉病可发生任何年龄、性别、种族，可见于皮毛工作者、饲鸟者，农民，但园艺工人及免疫力低下人群多见。
3.从病变处直接镜检，毛霉菌可见无隔菌丝，与曲霉相比，菌丝较粗大、分支少、孢子不多。
4.从疾病愈后，毛霉病是一种发病急、发展快、病死率高的系统性真菌感染疾病，少数为慢性感染，曲霉病只有少数可发生血行播散至全身，病死率相对来讲并不高。