导致起床后手肘关节痛的原因不同，治疗方式也不一样。
如果起床后肘关节疼痛为骨性关节炎所引起，因为在夜晚时肘部受压或者是受凉，就会导致无菌性炎症发作，从而引起疼痛的症状。应当使用布洛芬、双氯芬酸钠等抗炎镇痛药予以缓解，也可对局部进行热敷和中药熏洗，并且也要多休息，避免剧烈地活动肘关节。
如果是痛风性关节炎所导致的手肘关节疼痛，应当使用降低尿酸的药物进行治疗，比如秋水仙碱、别嘌呤醇等。并且调整日常的饮食，不要食用含有嘌呤类的食物，比如动物肝脏、海鲜等。