阴茎短小跟遗传有关，受到遗传基因的控制和影响。另外，跟营养状况差、营养不良也有关。体重指数过高，耻骨联合部位的脂肪沉积过多，也可导致感官阴茎短小。
男性个体间的阴茎长短以及短小存在一定的差异，并不都是等大等长。只要勃起的测值能够达到8厘米以上，不影响进入阴道完成性交，可不做任何治疗处理。
一旦是测值过度短小，不能进入阴道完成性交，可辅助性激素以及染色体等相关检查。必要时辅助性激素补充治疗或者是阴茎延长手术处理。