阴茎里面总是隐隐的疼可能为以下几种原因：
1.尿路感染，比如尿道炎、前列腺炎等，会导致患者出现阴茎隐痛，同时还会伴有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状。应及时到医院进行尿常规检查，明确诊断后，对症治疗，可服用三金片或盐酸左氧氟沙星片予以治疗。如果疼痛明显，可配合服用氯诺昔康片等止痛药物，通常3~5天可逐渐缓解。
2.由于外力作用，导致阴茎海绵体受损，也会引发阴茎疼痛。如果不太严重，应多注意休息，禁止性刺激，避免阴茎勃起，可促进海绵体修复，缓解疼痛。如果比较严重，可考虑手术修复治疗，术后可使阴茎疼痛逐渐消失。