肛门闭锁术后只要术后恢复顺利，就可以恢复正常的排便。
低位的肛门闭锁可以一期行肛门成形术，而高位的肛门闭锁，可能需要先行近端肠道造瘘，二期再行肛门成形术，大多会选择原肛门位置重建肛门。但这只是第一步，术后的肛门功能锻炼也非常关键，如果术后恢复不好，可能会造成肛门狭窄、肛门失禁等一些并发症状，无法恢复正常的排便。
所以，术后需要定期进行扩肛治疗，并进行排便训练，帮助患儿养成良好的排便习惯，提高手术的成功率。