结膜病临床上可根据结膜病的症状和体征，如结膜充血、分泌物增多、眼睑肿胀等可以做出诊断，但确诊是何种病因所导致的结膜病，尚需依靠实验室检查。其中包括细胞学、病原体的培养和鉴定，以及免疫学和血清学检查等等。
除病史、仔细观察结膜病病变外，还需要了解流行病学方面的情况。其中临床检查是最基本，最重要的诊断依据，临床症状和主要体征出现的部位不同，有助于结膜病的鉴别诊断，如沙眼的炎症上睑结膜较下睑严重，滤泡常出现于上睑结膜边缘部，包涵体性结膜炎的滤泡增生性改变，更常见于下睑结膜。
检查时注意鉴别结膜充血和睫状充血，以及耳前淋巴结是否肿大等等，都有助于诊断。