真菌性食管炎最常见的就是白色念珠菌，其次就是热带的念珠菌等病原菌引起。
主要在食道引起食管感染，而且免疫力比较低下的人比较常见，存在于正常的皮肤和黏膜。当身体免疫力下降或者是使用大量的抗生素的时候，微生物生长受到抑制，念珠菌就会致病。
它的症状主要为咽痛、吞咽痛和吞下困难，症状的轻重与炎症有关系，伴有厌食、呕血甚至出血，婴幼儿常伴发着口腔鹅口疮，成人的念珠菌性的食管炎在没有念珠菌性口炎的情况下也可以发生。