肛乳头炎大多是由于肛窦炎症所引起的。
由于肛窦开口向上，平时肛液肛腺分泌粘液，向上的解剖，会容易导致局部粪便和分泌物的堵塞，而导致肛窦出现炎症。发炎的肛窦常位于肛管后方的一侧，炎性变化在肛管表层下扩散，是局部发生水肿、发硬而增厚。
而附近的肛乳头，同样也会导致炎症性变化，就会导致肛乳头增大，但大小不定，形状也不一，有的只简单生长，有的乳头顶端较锐，有的相当肥大直径可达1到7厘米以上，长约2到3公分。