阴沟肠杆菌感染的判断需要结合各系统的临床表现，常见的表现有发热、寒战、呼吸急促、心动过速，如果是皮肤感染、软组织感染可以出现发红、肿胀、疼痛等，腹部感染可以出现腹痛、腹胀、恶心、呕吐等表现。泌尿道感染可以出现尿量减少等情况。神经系统感染可以出现头痛、嗜睡、昏迷等。
通过实验室检查可以判断感染发生的部位。血液以及骨髓培养等检查手段，发现阴沟肠杆菌存在，是确诊的主要依据。
阴沟肠杆菌感染与患者的免疫力下降、菌群失调是有一定关系的。