造成阴沟肠杆菌感染的原因有很多，通常有以下几个因素：
一个，是自体防御屏障受损，如受到烧伤、创伤、手术或某些介入性的操作，形成了皮肤、黏膜的损伤,使阴沟肠杆菌穿过人体屏障入侵体内，免疫系统发生了功能性缺陷而导致。
再有，是免疫系统的障碍，先天性的发育造成或后天性受到的破坏，比如物理、化学、生物因素的影响。如癌症或病症时进行的放射治疗、细胞毒性药物、免疫抑制剂、损害免疫系统的病毒感染等方式均可造成阴沟肠杆菌感染。