一般肛周脓肿治疗最主要的方法是进行肛周脓肿的切开引流，切开以后患者要定期进行换药处理，并需要使用高锰酸钾粉进行坐浴治疗。肛周脓肿患者的饮食尽量要以清淡为主，不能吃太辛辣或者是太油腻的食物，要保持大便通畅，可以多吃一些新鲜的蔬菜和水果等。
对有合并肛瘘的患者，可以一起进行肛周脓肿切开加肛瘘切除或者是挂线术等。对于的早期肛周脓肿切开，可以有效的减少肛瘘的发生概率。
但是对一些比较早期的肛周脓肿患者，还可以使用口服抗生素加外用抗生素联合治疗，并定期进行高锰酸钾粉坐浴，有一些患者也可以治愈。