轻度的低血糖一般不会遗留后遗症，通过口服含糖食物或糖水可快速纠正低血糖，改善相应的症状。但对于严重的低血糖、低血糖昏迷等可能会由于持续的低血糖状态造成脑损伤，从而遗留后遗症。
由于葡萄糖是脑细胞的重要能量来源，一般来说，当血糖低于2.2mmol/L时，脑细胞就会因葡萄糖供应严重不足而出现各种中枢神经症状，如头痛、烦躁、意识丧失、言语迟钝等，这种状态持续下去，就有可能发展为低血糖脑病，造成不可逆的脑损伤。
尤其对于新生儿来说，一旦发生严重低血糖，可能会造成新生儿低血糖脑病，将对幼儿期脑发育造成一定程度的影响。