针对眼重症肌无力，主要是应用药物予以治疗。
在急性发作期，患者可在医生的指导下应用胆碱酯酶抑制剂进行治疗，利于改善临床症状。同时可配合应用溴吡斯的明药物，通过对该药物的应用，可在帮助抑制乙酰胆碱的吸收，利于增强患者的眼肌力量，帮助减轻临床症状。必要时可应用硫唑嘌呤、糖皮质激素等免疫抑制剂予以治疗，对于眼重症肌无力也可起到治疗的作用。
在治疗康复期间，患者应多注意休息，保证充足的睡眠，同时应注意调控自己的情绪，避免情绪过于紧张、焦虑。