甲状腺发炎的危害主要取决于甲状腺炎类型的不同。如果是急性化脓性甲状腺炎或者是亚急性甲状腺炎，主要会导致颈部有明显的肿痛。尤其是在发病的严重时，甚至转头的时候就会感觉到疼痛，或者会导致转头的困难。部分患者会出现呼吸困难、吞咽困难、单侧声带麻痹等症状。
还有部分甲状腺炎，因为甲状腺的组织受到了严重的破坏，容易导致一过性的甲状腺毒症，比较常见的会引起出汗、心悸、失眠、消瘦，甚至会诱发甲亢。
而且有些甲状腺炎的病情比较严重，预后也会很差，可能会导致永久性的甲减。