表皮囊肿和皮下血肿是很容易鉴别诊断的。首先，两者外形不一样，表皮囊肿通常在皮肤下边是看不到的；而皮下血肿如果症状比较严重，在皮肤表面也能够看到瘀青的表现。
此外，皮下囊肿通常是质地比较坚硬的结节，和周围的组织没有粘连，可以推动，体积可以呈绿豆般大小，也可以比较大，呈鸡蛋甚至呈鹅蛋般大小；而皮下血肿通常是摸不到结节的，出没的时候只能够感觉到皮肤肿胀，摸不出来具体的结节。
皮下血肿通常压迫以后会有疼痛感，而表皮囊肿是不会有任何感觉的。