儿童窦性心律不齐是一种常见的生理性现象，不必紧张。也有可能是在做了剧烈的运动后或者精神过度紧张，近段时间休息不好，有可能会出现窦性心律不齐，去除这些诱发因素后能逐渐恢复正常。
有很少部分儿童可能是服用了药物中毒引起，比如洋地黄、β受体阻滞剂中毒，也会出现窦性心律不齐。患有先天性心脏病、心肌炎的儿童也会造成窦性心律不齐。
排除上述的原因，也考虑与神经肌肉疾病有关，比如小儿脊柱炎、佝偻病等。建议带儿童到医院做详细检查再处理。