引起小肠瘘的原因有腹部外伤、先天发育异常引起的先天性脐部肠瘘、手术创伤以及腹腔内疾病。其中手术创伤是引起小肠的最常见原因，多见于胃肠吻合口瘘。如果在手术中损伤到了肠管肠壁时，也有可能会引起小肠瘘的发生。
腹腔内的疾病如急性阑尾炎发作时，如果感染较重阑尾坏疽穿孔后形成阑尾周围脓肿，此时若行引流术在术后有可能会形成肠瘘。其临床表现根据发生的部位不同以及病因不同，会有不同的临床表现。
考虑小肠瘘时需积极地完善相关检查，明确诊断，同时加强营养支持治疗。