一般颅内静脉窦血栓治好后是不会复发的，但也存在个别的情况。
患者本身患有自身免疫性疾病或者是心血管系统疾病，比如血管炎、抗磷脂综合征、心肌梗死、冠心病等。如果这类疾病没有完全被治愈，也就是病因没有被全部祛除，这有可能会出现复发的情况。
当自身免疫疾病的患者免疫系统产生异常时，会对自身血管造成错误性的攻击，而引起静脉窦血栓复发。
当心血管疾病患者，比如冠心病患者，由于某些原因致使心脏动力不足时，也可能会使血管中的血流速度减慢，引起深静脉血液产生凝结，而导致颅内静脉窦血栓复发。