尿道憩室有瘘管与尿道相通，而尿道囊肿没有瘘管与尿道相通，是一个孤立性闭合的囊腔，这是两者最主要的区别。
还有症状上也有不同。当排尿时尿液会通过瘘管而进入尿道憩室内，此时尿道憩室会膨大。而尿道囊肿没有瘘管与尿道相通，因此在排尿时尿道囊肿，囊腔也不会变大。
当做体检的时候，两者也有不同。挤压尿道憩室，尿道憩室的尿液或者是分泌物会通过瘘管而自尿道排出，尿道憩室会变小。而尿道囊肿是固定不变，即使用手指按压囊腔，囊腔也不会变小，尿道口也不会有尿液或者分泌物溢出。