肺部真菌感染应该挂呼吸内科。肺部真菌感染属于肺部感染一大类，属于呼吸科疾病。患者多是以呼吸系统的临床症状为主，例如咳嗽、咳痰、咯血、发热、胸痛等不适，部分患者还有气喘胸闷。
此时呼吸科医生会根据其临床症状，结合其是否有相应的危险因素，早期针对性地完善胸部CT、真菌的相应病原学的检查。部分患者还需要通过呼吸科医生行支气管镜活检、灌洗、肺穿刺活检等来明确诊断。
当诊断明确以后，呼吸科医生会根据其真菌的种类，予以相应的抗真菌药物对症治疗。当然部分肺部真菌感染不典型的患者，有时也可挂感染科进行相应的诊治。