一般情况下，直肠脱垂患者排便时肛门不会疼痛。直肠脱垂患者会导致患者在排便时直肠脱出，而直肠是受植物神经支配，对疼痛并不敏感，所以即使局部受到刺激，一般也不会出现明显的疼痛症状。
但如果直肠脱垂患者脱出后出现嵌顿，无法回纳进肛门，局部出现充血、水肿，甚至导致黏膜出现糜烂、坏死时，会引发排便时疼痛症状，但这种情况相对比较少见。
另外，当直肠脱垂伴有肛门周围潮湿、瘙痒，并且湿疹形成时，有可能会导致肛门周围皮肤破损、感染，而引发患者在排便时肛门出现疼痛症状。患者可以外用抗生素类软膏，配合高锰酸钾溶液坐浴、清洗等方法治疗。