肛瘘反复发作，首先考虑在手术时没有完全找到内口，只是切除了瘘管，内口仍然存在，会导致术后出现复发。也可能在手术过程当中引流不通畅，从而导致创口没有愈合而引起复发。
此外，在手术后伤口出现了假性愈合。手术后瘘管闭合，瘘管的切口两端比较容易接触在一起，如果伤口的处理措施没有做好，瘘管腔没有完全愈合，而导致两边的皮肤先愈合在一起，形成了假性的愈合，从而造成肛瘘复发。
因此，做肛瘘手术以及术后护理，需避免上述的诱发因素，才可以防止肛瘘反复发作。