肛周脓肿手术后的住院时间多少，见于脓肿的位置、深浅、患者个人体质、手术方式以及有无其它影响切口恢复的疾病而定，一般为15-30天，多数可以出院。
肛周脓肿的手术方式多是切开引流术，手术简单，时间短，适用于大多肛周脓肿患者，接受手术后每日更换敷料，在肉芽生长迅速、切口无感染征象时可以出院，一般是15天左右。
而切开挂线疗法、分次切开术，适用于高位脓肿的病人，无挂线条件者需要在形成肛瘘后再次接受肛瘘手术才能完成，病程长，患者需要反复住院。