当胰腺囊腺瘤发生在胰腺头部或者是发生在钩突部位的时候，如果肿瘤的体积大于2cm，就会压迫到局部的胆管、胰管。这个时候就需要开刀进行手术切除的治疗，减轻肿瘤对胰管和胆管的压迫，避免出现梗阻性黄疸。
如果胰腺囊腺瘤发生在胰体部或者胰尾部，当肿瘤比较小，也没有明显临床症状的时候，可以密切观察。如果肿瘤增大到5cm或者是伴有腹痛、恶心、呕吐的症状，就需要进行开刀手术的治疗，将肿瘤进行完整切除，而切除下来的组织应该常规送病理学的检查。
而在手术方式的选择上，小的胰腺囊腺瘤可以做肿瘤的摘除手术。而如果肿瘤比较大，可能需要进行胰体尾部的切除或者是进行胰头十二指肠的切除手术。