如果患者患有先天性泌尿系畸形，也是要根据畸形是在哪个位置、畸形的严重程度，来采取不同的治疗方案。
如果患者患有马蹄肾，虽然两侧肾脏相互融合在一起，但是肾脏的积水不严重，病人也没有腰痛症状、也没有肾结石、上尿路感染等。这种情况是不需要治疗的。如果病人出现了比较重的肾积水，有腰痛以及肾结石发生。这种情况可以行马蹄肾下级切开。
如果有结石，还可以碎石取石手术。如果是患有先天性的肾盂输尿管连接处梗阻，引起的肾积水不重。可以不需要治疗，定期观察就可以。如果肾积水比较重，就需要行肾盂输尿管连接处的整形手术，来减轻肾积水的情况。
如果是患有先天性的尿道瓣膜病，可以行微创的尿道瓣膜切除手术，来改善患者排尿的通畅程度。如果是患有尿道下裂的疾病，可以行尿道下裂的整形手术，来使得患者排尿恢复正常。