肛瘘不治疗有可能会转癌症。虽然发生概率比较低，但在临床上也有相关的报道。
肛瘘不治疗并无法自愈，患者会出现反复的肛周肿痛以及流脓症状，瘘管内也会反复感染，而持续的炎症刺激就有可能会引发局部组织出现异型增生，甚至癌变。特别是一些病史超过10年以上的肛瘘患者，其癌变的概率就会明显提高。
所以，肛瘘的患者需要及时去医院就诊，进行相关的检查，明确肛瘘的类型以及瘘管位置的高低，再采取相应的手术方式治愈肛瘘。