肠结核做肠镜可以检查出来，肠结核患者在肠镜下会表现为肠黏膜充血、水肿，血管纹理模糊，可见到点状或片状糜烂，也可以见数量、大小、深浅不一的肠黏膜溃疡，呈圆形或者椭圆形。
由于局部的炎症刺激，在肠镜下也可以看到假息肉和增生结节，还会导致肠管变形、肠腔环状狭窄。还可以在肠镜下取局部病变组织，行病理切片检查，以明确诊断。
肠结核不仅可以通过肠镜进行检查，还可以通过粪便培养、影像学检查，包括腹部彩超或者腹部CT，结合抗体以及结核菌素试验等检查进行诊断。