婴儿消化不良可以吃含有双歧杆菌、布拉氏酵母菌等益生菌类的药物，也可以用含有胃蛋白酶、鞣酸蛋白酶等消化酶类的药物，或者用醒脾养儿颗粒或小儿健脾散调理脾胃的药物。
婴儿消化不良原因有很多种，如果是受凉等因素引起的肠道菌群失调造成的消化不良，益生菌类药物效果最好。
如果是发热等因素引起的消化酶失活，用消化酶类药物效果较好。如果是经常积食出现脾胃不和，用健脾胃的药物最合适。具体用哪种药物，建议去医院由医生分析出诱因再进行选择。